« Lorsqu’une dérogation « espèces protégées » est délivrée pour un projet de manière autonome sans s’inscrire dans le cadre d’une autorisation environnementale délivrée au titre de la loi sur l’eau, des installations classées ou de travaux miniers, cette décision peut-elle être utilement contestée au motif de son incomplétude, c’est-à-dire en tant qu’elle n’inclut pas certaines espèces affectées par le projet ? »

Tel est le début des conclusions, fort intéressantes, du rapporteur public M. Nicolas AGNOUX, sur la décision n° 483757, Association Mardiéval, rendue par le Conseil d’Etat le 18 juillet 2025. Et à cette question, la Haute Assemblée apporte une double réponse.

Il juge en effet qu’un tel tiers

• peut bien soulever le moyen d’une telle dérogation ne porterait pas sur l’ensemble des espèces affectées par le projet
• mais pas après coup car ce « moyen tiré d’une violation de ces principes par la dérogation litigieuse ne saurait être accueilli dès lors qu’une dérogation modificative accordée postérieurement en assure le respect.»

 

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I. Rappels très sommaires sur ce régime

 

La directive du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvage, dite directive Habitats, et la directive du 30 novembre 2009 concernant la conservation des oiseaux sauvages imposent aux États membres de mettre en place un régime général de protection stricte des espèces animales, des habitats et des oiseaux. Ce régime figure aux articles L. 411-1 et suivants du code de l’environnement.

En matière d’espèces protégées, le principe de ce régime est celui de l’interdiction de toute destruction desdites espèces ou de leur habitat, sous réserve des dérogations à ce principe (art. L. 411-2 de ce même code), le tout assurant la transposition de la directive Habitats 92/43/CEE du 21 mai 1992.

Schématiquement, une telle dérogation suppose que soient réunies trois conditions (cumulatives, donc) :

1. il n’y a pas de solution alternative satisfaisante
2. il n’en résulte pas une nuisance au « maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle »
3. le projet conduisant à cette destruction sert lui-même un des motifs limitativement énumérés par la loi, à savoir (conditions alternatives, cette fois) :
   • protéger la faune et de la flore sauvages et la conservation des habitats naturels ;
   • prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l’élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d’autres formes de propriété ;
   • s’inscrire dans l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur (RIIPM), y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ;
   • agir à des fins de recherche et d’éducation, de repeuplement et de réintroduction de ces espèces et pour des opérations de reproduction nécessaires à ces fins, y compris la propagation artificielle des plantes ;
   • permettre, dans des conditions strictement contrôlées, d’une manière sélective et dans une mesure limitée, la prise ou la détention d’un nombre limité et spécifié de certains spécimens.

Ces conditions sont cumulatives et, souvent, c’est sur la notion d’intérêt public majeur que sont fondées les dérogations.

La Cour de cassation  a estimé qu’un tel régime s’appliquait (même en cours d’exploitation) même en cas d’atteinte à une espèce dont l’état de conservation s’améliore, et ce même avec un seul spécimen détruit (Cass. civ. 3., 30 novembre 2022, n°21-16.404). Rigueur donc au pénal. Ensuite, pour éviter le pénal, il incombe aux exploitants de demander donc une RIIPM.

Pour ces demandes de dérogation, l’administration doit  notamment compte des mesures d’évitement, de réduction et de compensation prévues, et de l’état de conservation des espèces concernées. 

Le responsable du projet doit examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire : cet examen s’impose dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet, et il n’est tenu compte, à ce stade de l’examen, ni du nombre de ces spécimens, ni de l’état de conservation des espèces protégées présentes. Ce responsable  devra obtenir une dérogation « espèces protégées » si l’atteinte aux espèces protégées est « suffisamment caractérisée ». Pour démontrer que cette atteinte n’est pas « suffisamment caractérisée » et qu’il n’a donc pas besoin d’une dérogation, il peut tenir compte des mesures permettant d’éviter le risque, mais aussi des mesures permettant de le réduire (le contrôle de cassation étant limité à la « dénaturation » : CE, 29 juillet 2022, n° 443420, à mentionner aux tables du recueil Lebon).

Source importante sur ces divers éléments : CE, 9 décembre 2022, Association Sud-Artois pour la protection de l’environnement et autres, 463563

Sur la RIIPM appliquée à l’autoroute A36, voir ici. 

Sur les RIIPM fixées ou présumées par la loi ou le règlement, voir ici. (et C. Const. déc° n° 2024-1126 QPC du 5 mars 2025) 

 

II. Le nouvel arrêt

 

Le Conseil d’Etat vient d’affiner ce mode d’emploi s’agissant des recours par un tiers y ayant intérêt, lequel :

• peut bien soulever le moyen d’une telle dérogation ne porterait pas sur l’ensemble des espèces affectées par le projet
• ne peut soulever ce même moyen, contre une dérogation modificative accordée postérieurement portant sur l’ensemble de ces espèces. Plus précisément « le moyen tiré d’une violation de ces principes par la dérogation litigieuse ne saurait être accueilli dès lors qu’une dérogation modificative accordée postérieurement en assure le respect.»
  

Sur ce second point, on retrouve une solution déjà dégagée en droit de l’urbanisme : CE, 9 décembre 1994, S.A.R.L. Séri, n° 116447, rec. T. p. 1261. A l’époque, le Conseil d’Etat avait en effet posé que le moyen tiré d’une violation, par un permis initial, des règles fixées en matière de hauteur des constructions par le plan d’occupation des sols ne saurait être accueilli dès lors que le permis modificatif délivré postérieurement assure le respect de ces règles.

D’où la formulation suivante dans les futures tables du rec. :

1) L’identification des espèces protégées susceptibles d’être affectées par un projet ainsi que l’évaluation des impacts du projet sur l’ensemble des espèces protégées présentes, après prise en compte, le cas échéant, des mesures d’évitement et de réduction proposées sont établies sous la responsabilité de l’auteur de la demande de dérogation. Un tiers ayant intérêt à agir contre une dérogation accordée sur le fondement du 4° du I de l’article L. 411-2 du code de l’environnement peut utilement faire valoir, à l’appui de sa demande tendant à l’annulation d’une telle décision, qu’elle est entachée d’illégalité au motif qu’elle ne porte pas, à la date de son intervention, sur l’ensemble des espèces affectées par le projet, moyen susceptible de conduire, au vu des pièces du dossier soumis au juge de l’excès de pouvoir, à son annulation. Ainsi , est opérant le moyen tiré de ce qu’une telle dérogation aurait dû concerner d’autres espèces protégées identifiées dans le périmètre d’étude pour lesquelles le pétitionnaire a estimé que l’impact résiduel était faible ou négligeable.

« 2) Il résulte de ces principes que la légalité d’une dérogation accordée sur le fondement du 4° du I de l’article L. 411-2 du code de l’environnement peut utilement être contestée au motif qu’elle ne porte pas sur certaines espèces protégées, le juge appréciant la légalité de la décision à la date à laquelle elle a été prise au vu des pièces produites par les parties. Toutefois, le moyen tiré d’une violation de ces principes par la dérogation litigieuse ne saurait être accueilli dès lors qu’une dérogation modificative accordée postérieurement en assure le respect.»

En l’espèce, étaient en cause d’un côté des rainettes vertes et de l’autre 14 km de route dans le Loiret :

« 14. Il résulte des principes rappelés au point 6 que la légalité d’une dérogation accordée sur le fondement du 4° du I de l’article L. 411-2 du code de l’environnement peut utilement être contestée au motif qu’elle ne porte pas sur certaines espèces protégées, le juge appréciant la légalité de la décision à la date à laquelle elle a été prise au vu des pièces produites par les parties. Toutefois, le moyen tiré d’une violation de ces principes par la dérogation litigieuse ne saurait être accueilli dès lors qu’une dérogation modificative accordée postérieurement en assure le respect.
« 15. En l’espèce, si la rainette verte n’était pas visée par l’arrêté du 5 septembre 2018 contesté, alors que le dossier de demande identifiait un impact résiduel moyen pour cette espèce, il résulte des pièces du dossier que l’arrêté modificatif du 23 mai 2022 modifiant l’arrêté du 5 septembre 2018 portant dérogation à l’interdiction de destruction, perturbation intentionnelle, capture d’espèces animales protégées et destruction, altération, dégradation de leurs aires de repos ou sites de reproduction, délivré en cours d’instance, assure la conformité de l’arrêté du 5 septembre 2018 avec les règles précitées. Par suite, le moyen tiré de ce que l’arrêté du 5 septembre 2018 est entaché d’illégalité en tant qu’il ne visait pas la rainette verte ne peut qu’être écarté.
« 16. Par ailleurs, il ne ressort pas des pièces du dossier, que le projet présentait, compte tenu des mesures d’évitement et de réduction proposées, un risque suffisamment caractérisé pour d’autres espèces protégées nécessitant l’obtention d’une dérogation.
« 17. Enfin, la circonstance que l’étude d’impact de la déclaration d’utilité publique fasse mention d’autres espèces que celles visées dans le dossier de demande de dérogation  » espèces protégées  » et que l’avis du Conseil national de la protection de la nature relève l’absence de certaines espèces dans le dossier de demande de dérogation ne permet pas, par elle-même, d’établir qu’une dérogation était requise pour d’autres espèces protégées que celles visées par l’arrêté du 5 septembre 2018. Par suite, le moyen tiré de ce que cet arrêté est entaché d’illégalité en tant qu’il ne porte pas sur d’autres espèces protégées doit être écarté. »

Un saut en arrière pour la rainette. Mais un bon en avant pour le droit qui lui est applicable.

Voir aussi les conclusions de M. Nicolas AGNOUX, Rapporteur public :

• http://www.conseil-etat.fr/fr/arianeweb/CRP/conclusion/2025-07-18/483757

 

Source :

 

Conseil d’Etat, 18 juillet 2025, Association Mardiéval, n° 483757, aux tables