Espèces protégées : le risque n’est pas ponctuel ; le contrôle ne doit, donc, pas l’être non plus, vient de poser le Conseil d’Etat.
Plus précisément, le Conseil d’Etat juge qu’une dérogation espèces protégées impose un contrôle de tous les instants… à charge pour le préfet de le prévoir, sans qu’à cette occasion soit à appliquer une distinction entre modifications substantielles ou non substantielles. Quant au juge du fond, celui-ci doit apprécier le risque pour l’espèce protégée après application des mesures envisagées et/ou imposées par l’Etat (II).
Mais commençons par un rappel très schématique du droit général en cette matière (I).

I. Rappel des grands principes de ce régime
En matière d’espèces protégées, le principe est celui de l’interdiction de toute destruction desdites espèces ou de leur habitat (art. L.411-1 du code de l’environnement), sous réserve des dérogations à ce principe (art. L. 411-2 de ce même code), le tout assurant la transposition de la directive Habitats 92/43/CEE du 21 mai 1992.
Schématiquement, une telle dérogation suppose que soient réunies trois conditions (cumulatives, donc) :
- 1. il n’y a pas de solution alternative satisfaisante
- 2. il n’en résulte pas une nuisance au « maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle »
- 3. le projet conduisant à cette destruction sert lui-même un des motifs limitativement énumérés par la loi, à savoir (conditions alternatives, cette fois) :
- protéger la faune et de la flore sauvages et la conservation des habitats naturels ;
- prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l’élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d’autres formes de propriété ;
- s’inscrire dans l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ;
- agir à des fins de recherche et d’éducation, de repeuplement et de réintroduction de ces espèces et pour des opérations de reproduction nécessaires à ces fins, y compris la propagation artificielle des plantes ;
- permettre, dans des conditions strictement contrôlées, d’une manière sélective et dans une mesure limitée, la prise ou la détention d’un nombre limité et spécifié de certains spécimens.
Ces conditions sont cumulatives et, souvent, c’est sur la notion d’intérêt public majeur que sont fondées les dérogations.
Oui mais développer des énergies renouvelables est-il constitutif d’un tel intérêt public majeur ? Et l’exigence d’un tel intérêt public majeur s’impose-t-il même quand une espèce n’est pas ou plus menacée ? Et faut-il lancer la procédure si l’atteinte aux animaux apparaît non pas en amont de l’exploitation, mais au fil de celle-ci ?
Voir notre vidéo faite en février 2020 :
Sources : art. L.411-1 du code de l’environnement puis art. L. 411-2 de ce même code ; CE, 25 mai 2018, 413267 ; CE, 3 juin 2020, n° 425395 ; CE, 3 juillet 2020, n° 430585 ; CAA Nantes, 13 mars 2020, 19NT01511 ; CAA Bordeaux, 14 mai 2019, 17BX01845 ; CAA Marseille, 4 octobre 2019, 18MA01980 – 18MA02314 ; CAA Nantes, 5 mars 2019, 17NT02791- 17NT02794 ; CAA bordeaux, 30 avril 2019, FNE Midi-Pyrénées, n° 17BX01426 ; CAA de NANTES, 5ème chambre, 24/01/2020, 19NT00916 ; CAA Nantes, 6 décembre 2019, 18NT04618 ; CAA Nantes, 28 novembre 2019, 18NT01696 ; CAA Nancy, 8 avril 2020, n° 18NC02309. Plus récemment, voir CAA de BORDEAUX, 5ème chambre, 09/03/2021, 19BX03522, Inédit au recueil Lebon. Plus récemment, voir : un arrêt intéressant sur l’effarouchement et sur l’évolution des positions préfectorales (CAA de Nantes en date du 2 avril 2020, n° 19NT02640) ; CE, 15 avril 2021, n° 430500 et autres, à mentionner aux tables du rec. ( voir n°430497, n° 430498 et n° 430500) ; Inversement, selon un autre arrêt du même jour du CE (n° 432158), l’équilibre ne joue pas en faveur d’une (trop petite) centrale hydroélectrique (au regard des dégâts causés).
Cet équilibre délicat à opérer dossier par dossier se trouve en évolution rapide et récente sous trois angles :
- positions fortes du du juge judiciaire (Cass. civ. 3., 30 novembre 2022, n°21-16.404). Voir notre article détaillé : Eoliennes et espèces protégées : un train de contentieux peut en cacher un autre
- un important avis contentieux du Conseil d’Etat (CE, 9 décembre 2022, Association Sud-Artois pour la protection de l’environnement et autres, 463563). Voir notre article détaillé : Dérogation « espèces protégées » : un important avis contentieux du Conseil d’Etat
- le législateur est intervenu, avec la loi n° 2023-175 du 10 mars 2023 relative à l’accélération de la production d’énergies renouvelables (NOR : ENER2223572L). Le nouveau régime prévoit une présomption de raison d’intérêt public majeur pour nombre de situations (art. 19 de la loi). Voir aussi ensuite le décret n° 2023-1366 du 28 décembre 2023. A ces sujets, voir notre article : • A partir de quels seuils les ouvrages de production d’énergie sont-ils réputés répondre à des « raisons impératives d’intérêt public majeur », au regard des règles propres aux espèces protégées ?
- ainsi qu’un nouveau, transitoire et puissant, règlement européen :
-
Voir la vidéo de 10 mn 10 que j’ai faite sur ces évolutions récentes :
NB : voir aussi, pour quelques autres actualités : • Faut-il éteindre la lumière… même celle qui aveugle les espèces protégées ? ; • Quand la vigne peut-elle s’implanter dans de nouveaux terroirs ? Avec ou sans dérogation espèces protégées, le cas échéant ? ; • Le juge judiciaire des référés n’a pas compétence pour suspendre une activité ICPE exercée sans dérogation au titre des espèces protégées ; • Environnement : le fait accompli… ça l’fait plus ; • Les Don Quichotte luttant, même indirectement, contre l’éolien en mer, ont bien tous RDV au Palais Royal (décision intéressante aussi sur les pouvoirs — voire devoirs — d’injonction du préfet) ; etc.

II. Par cette nouvelle décision, le Conseil d’Etat juge qu’une dérogation espèces protégées impose un contrôle de tous les instants… à charge pour le préfet de le prévoir, sans qu’à cette occasion soit à appliquer une distinction entre modifications substantielles ou non substantielles. Quant au juge du fond, celui-ci doit apprécier le risque pour l’espèce protégée après application des mesures envisagées et/ou imposées par l’Etat.
Décidément, le — magnifique — plateau du Larzac ne réussit pas aux implantations exogènes. Après le rejet de l’armée dans les années 70, vient celui des éoliennes.
Un parc de six éoliennes a donné lieu à un litige d’autant plus complexe qu’il est dispensé, par son permis de construire, d’une obligation d’avoir une autorisation ICPE (dans le cadre du droit propre fondé sur sa date de construction ; cf. l’article L. 515-44 du code de l’environnement).
La Ligue de protection des oiseaux (LPO) a alerté l’exploitant et l’Etat de risques sur ce site d’atteintes pour neuf grands rapaces protégés, conduisant à des arrêtés portant prescriptions complémentaires, d’où naquit le litige qui finit par remonter jusqu’au Conseil d’Etat.
La CAA de Toulouse avait, en 2022, rejeté la requête en appel de la LPO, en ces termes :
« 7. En vertu des dispositions combinées des articles L. 411-1, L. 411-2, R. 411-10-1 et R. 410-10- 2 du code de l’environnement, toute dérogation à la destruction ou à la perturbation d’espèces protégées ne peut être accordée que sur demande du pétitionnaire présentée préalablement à la délivrance de l’autorisation d’exploiter, une adaptation à la dérogation pouvant être imposée par voie de prescriptions complémentaires en cours d’exploitation au titulaire d’une dérogation, ce qui suppose qu’une telle dérogation ait été demandée et accordée à l’occasion de l’autorisation d’exploiter originelle. Il résulte des dispositions de l’article L. 181-14 citées au point 3 du présent arrêt qu’une distinction est opérée entre, d’une part, les modifications substantielles qui requièrent une nouvelle autorisation environnementale et qui, faisant perdre à l’exploitant les droits qu’il détenait de l’autorisation originelle, l’expose, si nécessaire, à devoir présenter une demande de dérogation à l’interdiction de destruction ou d’altération des espèces protégées, s’il ne l’avait pas présentée préalablement à la délivrance de l’autorisation frappée de caducité et, d’autre part, les modifications de moindre ampleur qui n’appellent que des prescriptions additionnelles qui, hors les conditions qu’elles précisent ou renforcent, n’affectent pas les droits qui s’attachent à l’autorisation d’exploiter délivrée originellement.
« 8. Il est constant que l’arrêté attaqué émet des prescriptions complémentaires, sans modification substantielles des caractéristiques du parc éolien, au sens du 2ème alinéa de l’article L. 181-14 précité du code de l’environnement. La société centrale éolienne de production d’énergie de la Baume bénéficie, en conséquence, du maintien des droits découlant du permis de construire du 5 décembre 2012 devenu autorisation environnementale le 1er mars 2017 dont celui d’exploiter l’installation en franchise de demande de dérogation. Par suite, le moyen tiré de ce que l’arrêté attaqué portant prescriptions complémentaires ne pouvait être délivré sans présentation d’une demande de dérogation conforme à l’article L. 411-2 du code de l’environnement doit être écarté comme inopérant.
« 9. Il résulte de ce qui précède que l’association Ligue pour la protection des oiseaux n’est pas fondée à demander l’annulation de l’arrêté du préfet du 16 janvier 2020 portant prescriptions complémentaires de l’autorisation d’exploiter le parc éolien dit » la Baume » situé sur la commune de Lapanouse-de-Cernon.»
Source : arrêt n° 20TL22215 du 8 décembre 2022 de la cour administrative d’appel de Toulouse
Le même jour, la CAA de Toulouse rejetait également un autre recours, n° 20TL22710 (voir ici), de l’entreprise exploitant ces éoliennes, qui de son côté se plaignait de la sévérité, à son sens excessive, des mesures qui lui étaient imposées par l’Etat.
Mais revenons au recours de la LPO rejeté par l’arrêt n° 20TL22215 car c’est celui qui, en droit, est intéressant. Cette décision de la CAA reposait sur :
- une distinction entre modifications substantielles et non substantielles (l’arrêté en l’espèce relevant selon la CAA de cette seconde catégorie)… distinction qui n’est pas expressément prévue en ce domaine par le code de l’environnement mais que l’on retrouve très souvent en droit public (contrats, urbanisme…).
- un effet de cette distinction (les modifications substantielles imposent une nouvelle autorisation ICPE avec au besoin une nouvelle dérogation espèces protégées ; pas les non substantielles).
- une appréciation en l’espèce selon laquelle l’arrêté attaqué émet des prescriptions complémentaires, sans modification substantielles des caractéristiques du parc éolien
Ce raisonnement était fondé sur le troisième alinéa de l’article L. 181-14 du code de l’environnement, lequel est ainsi rédigé :
« L’autorité administrative compétente peut imposer toute prescription complémentaire nécessaire au respect des dispositions des articles L. 181-3 et L. 181-4 à l’occasion de ces modifications, mais aussi à tout moment s’il apparaît que le respect de ces dispositions n’est pas assuré par l’exécution des prescriptions préalablement édictées. »
Or, cet article impose clairement des modifications possibles à tout moment ce qui élimine la distinction entre modifications substantielles ou non substantielles et l’obligation, ou non, selon le résultat de cette distinction, de demander une (nouvelle au besoin) dérogation espèces protégées… qui était la base du raisonnement de la CAA de Toulouse.
Cette distinction entre modifications substantielles ou non est radicalement rejetée par le Conseil d’Etat.
Le Conseil d’Etat balaye en effet cet entier raisonnement avec une formulation dénuée de toute ambigüité :
« 4. […] il appartient à l’autorité administrative de prendre, à tout moment, à l’égard de l’exploitant, les mesures qui se révèleraient nécessaires à la prévention des dangers ou inconvénients pour les intérêts énumérés à l’article L. 511-1 du code de l’environnement, notamment la protection de la nature et de l’environnement. Il lui appartient, à cette fin, de prendre les mesures de nature à préserver les espèces animales non domestiques protégées ainsi que leurs habitats. »
Plus encore : les autorisations environnementales ou dérogations espèces protégées en ressortent nettement comme ne donnant aucun droit acquis,
Et la Haute Assemblée poursuit en imposant au juge du fond, notamment, de se prononcer sur le niveau de risque pour l’espèce protégée après application des mesures de réduction (il ne suffit pas de diminuer le risque ; il appartient au juge de mesurer le risque résiduel après application des mesures envisagées ou imposées par l’Etat) :
« En se bornant ainsi, d’une part, à constater que les mesures envisagées étaient de nature à réduire un risque de collision sans se prononcer sur son caractère résiduel après la prise en compte des mesures de réduction et, d’autre part, à retenir l’existence de mesures qui n’avaient vocation à intervenir qu’après la survenance d’un tel risque, pour juger que les intérêts protégés par les articles L. 181-14 et L. 511-1 du code de l’environnement n’étaient pas méconnus, alors qu’il ressortait de ses propres constatations que le parc éolien en litige présentait un impact sur une espèce protégée pour laquelle un cas de mortalité d’un spécimen était susceptible d’affecter son état de conservation, la cour administrative d’appel a entaché son arrêt d’une erreur de droit.»
D’où une censure et un renvoi vers la CAA de Toulouse pour rejuger l’affaire au fond.
Avec ce résumé, très clair, des futures tables du rec. :
« 1) Les articles L. 181-2, L. 181-3, L. 181-22, L. 411-2 et R. 411-6 du code de l’environnement imposent, à tout moment, la délivrance d’une dérogation à l’interdiction de destruction ou de perturbation d’espèces protégées dès lors que l’activité, l’installation, l’ouvrage ou les travaux faisant l’objet d’une autorisation environnementale ou d’une autorisation en tenant lieu comportent un risque suffisamment caractérisé pour ces espèces, peu important la circonstance que l’autorisation présente un caractère définitif ou que le risque en cause ne résulte pas d’une modification de cette autorisation.
« 2) Lorsque la modification de l’autorisation conduit l’autorité administrative à imposer des prescriptions complémentaires dont l’objet est d’assurer ou de renforcer la conservation d’espèces protégées, les articles L. 181 14, R. 181 45, R. 411 10-1 et R. 411-10-2 n’ont ni pour objet ni pour effet de faire dépendre la nécessité de l’obtention d’une dérogation « espèces protégées » de la circonstance que cette modification présenterait un caractère substantiel. Il appartient à l’autorité administrative de s’assurer que les prescriptions complémentaires qu’elle impose présentent un caractère suffisant et, dans ce cadre, de rechercher si elles justifient, lorsqu’il demeure un risque caractérisé pour les espèces, d’imposer au bénéficiaire de solliciter une telle dérogation sur le fondement de l’article L. 171-1 du code de l’environnement.»
Source :
Conseil d’État, 8 juillet 2024, LPO, n° 471174, aux tables du recueil Lebon
Voir aussi les conclusions de M. Nicolas AGNOUX, Rapporteur public :

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